ในปี พ.ศ. 2306 สมัยกรุงธนบุรี เป็นสมัยที่สร้างราชธานีใหม่ สมเด็จพระเจ้าตากสิน โปรดเกล้าฯ ให้รื้อกำแพงเมืองพระประแดงเดิมที่ตำบลราษฎร์บูรณะ เพื่อไปสร้างกำแพงพระราชวังจึงทำให้กำแพงเมืองพระประแดงเดิมสูญหายสิ้นซากนับแต่นั้นมา

ในปี พ.ศ. 2352 สมัยกรุงรัตนโกสินทร์ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงเห็นความสำคัญที่จะต้องสร้างเมืองทางชายฝั่ง เพื่อป้องกันศัตรูที่จะรุกล้ำมาจากทางทะเลสู่แม่น้ำเจ้าพระยา ซึ่งเดิมมีเมืองพระประแดงและเมืองสมุทรปราการเป็นเมืองหน้าด่าน แต่อยู่ในสภาพทรุดโทรมมาก พระองค์จึงดำริที่จะบูรณะเมืองพระประแดง ซึ่งอยู่ทางด้านขวาของแม่น้ำเจ้าพระยา ระหว่างเมืองสมุทรปราการและกรุงเทพฯโดยโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาท ลงสำรวจพื้นที่บริเวณปากน้ำเจ้าพระยา เพื่อสร้างเมืองขึ้นใหม่และสร้าง “ป้อมวิทยาคม” ที่ฝั่งซ้ายของแม่น้ำเจ้าพระยา